Сюжетные действия игры развиваются в современный городе Токио, где игроку оказывается в образе ниндзя по имени Рю Хаябюса. Воин тени Рю поклялся уничтожить вражий клан Чёрных пауков. Однако противники и не думают сдаваться – они призвали на помощь коварных демонов, орды которых возглавляет королева Элизабет. Рю охотится за Элизабет по всей планете, попутно борясь с Чёрными пауками и их приспешниками в Европе, Северной и Латинской Америке. В конце концов, преследование возвращает его обратно в Японию к подножию священной горы Фудзи, где и должна произойти финальная битва...