По сюжету игры, четверо бойцов Naruto попадают внутрь загадочного призрачного замка, внезапно образовавшегося рядом с секретной деревней ниндзя и высасывающего жизненную энергию из его обитателей. Им предстоит пройти 100 уровней замка и сразиться с более чем 20 видами врагов, используя комбо-атаки, удары в полете и разнообразные приемы, чтобы понять, за что повелевающая замком женщина в маске так их не любит.

Особенности PSP игры Naruto Ultimate Ninja Heroes 2: The Phantom Fortress:
• Сотня уровней для их изучения, каждый из которых отличает свои схватки, события, битвы и загадки. 
• Пройдя полную мини-игр и крутых сюжетных поворотов кампанию, игроки смогут устраивать схватки друг с другом.
• Можно устраивать сражения между двумя PSP, даже если копия игры есть только на одной.