После событий части Тенчу, дом Гохда потрясен изменой. Играя за Рикимару, Аяме или Татсумару, вы должны восстановить честное имя вашего учителя… Вам предстоит жизнь чести, жизнь невидимки. 21 новая техника скрытого убийства, возможность выбора из 3 персонажей, каждый из которых имеет свою историю и боевую технику, возможность создавать свои миссии в специальном редакторе и сохранить их на карте памяти,  29 новых дневных и ночных миссий, Новое оружие и предметы ниндзя, в том числе огненные стрелы и невидимость,  Возможность находить и скрывать под водой, используя для дыхания бамбуковую трубку.