Сюжет Tom Clancy\'s Ghost Recon: Advanced Warfighter 2 хронологически продолжит события, описанные в предыдущей части игры. 2014 год. Южная граница США стала одной из самых горячих точек земного шара. Стена протяженностью 1900 миль - единственный рубеж, который отделяет благополучный и преуспевающий мир Соединенных Штатов Америки от обжигающего дыхания хаоса, царящего в соседней Мексике.

Политическая обстановка на родине текилы нестабильна как никогда. Страну лихорадит от экономических и социальных потрясений, множество организаций экстремистского толка набрали невиданную мощь и угрожают как шаткому режиму мексиканского правительства, так и национальной безопасности прилегающих государств.

Стена, пролегающая вдоль границы, становится для сепаратистов \"целью № 1\". Сотни до крайней степени озлобленных бойцов атакуют ее по всей протяженности, но где будет нанесен решающий удар, не знает никто. Предотвратить прорыв боевиков – задача, которую под силу выполнить лишь элитному отряду специального назначения \"Призраки\". Командир, приступайте. На ликвидацию угрозы у вас есть 72 часа.